本发明属于鱼类分子标记辅助育种。更具体地，涉及一种与苏氏圆腹鲶抗嗜水气单胞菌感染性状相关的snp分子标记及其应用。
背景技术：
1、苏氏圆腹鲶(pangasianodon hypophthalmus)隶属于鲶形目芒鲶属，为无鳞鱼类，具有生长快、耐低氧、无肌间小刺等特点，是一种重要的养殖品种。
2、嗜水气单胞菌(aeromonas hydrophila)为单胞菌科(aermonadaceae)、气单胞菌属(aeromonas)细菌，广泛分布于淡水中，感染后能引起多种水产养殖动物患病。其所引起的鱼类细菌性败血症发病急、范围广，是限制苏氏圆腹鲶养殖产业长期稳定发展的主要原因之一。使用抗菌类药物虽有一定效果，但无法从根本上防治细菌性败血症，且抗菌类药物对消费者的健康具有潜在危害，容易产生抗药性等问题，无法满足人们对绿色水产品的需求。因此，亟需选育抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶品种。
3、分子标记辅助育种借助与性状紧密相关的分子标记，对具有性状优势对应等位基因或基因型的个体进行直接选择育种，能够提高选育的准确性，缩短育种周期。但现已报道的与苏氏圆腹鲶抗嗜水气单胞菌相关的分子标记较少，需不断挖掘与其抗性相关的分子标记，以利于苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症品种的选育。而在此之前，需要解决的首要问题是，如何从庞大的基因组中获得一种与苏氏圆腹鲶抗嗜水气单胞菌感染相关的分子标记。
技术实现思路
1、本发明针对现有缺乏与苏氏圆腹鲶抗嗜水气单胞菌感染相关的分子标记的不足，提供了一种与苏氏圆腹鲶抗嗜水气单胞菌感染性状相关的snp分子标记及其应用。
2、本发明的第一个目的是提供一种与苏氏圆腹鲶抗嗜水气单胞菌感染性状相关的snp分子标记。
3、本发明的第二个目的是提供所述snp分子标记的检测试剂。
4、本发明的第三个目的是提供所述检测试剂在鉴定苏氏圆腹鲶抗嗜水气单胞菌感染性状中的应用。
5、本发明的第四个目的是提供所述检测试剂在制备用于鉴定苏氏圆腹鲶抗嗜水气单胞菌感染性状的产品中的应用。
6、本发明的第五个目的是提供所述检测试剂在筛选抗嗜水气单胞菌感染的苏氏圆腹鲶中的应用。
7、本发明的第六个目的是提供所述检测试剂在制备用于筛选抗嗜水气单胞菌感染的苏氏圆腹鲶的产品中的应用。
8、本发明的第七个目的是提供一种筛选抗嗜水气单胞菌感染的苏氏圆腹鲶的方法。
9、本发明的第八个目的是提供所述检测试剂在抗嗜水气单胞菌感染的苏氏圆腹鲶的分子标记辅助育种中的应用。
10、本发明的第九个目的是提供所述检测试剂在制备用于抗嗜水气单胞菌感染的苏氏圆腹鲶的分子标记辅助育种的产品中的应用。
11、本发明上述目的通过以下技术方案实现：
12、本发明在苏氏圆腹鲶的tlr2基因中发现了一种与苏氏圆腹鲶抗嗜水气单胞菌感染性状相关的snp分子标记，所述snp分子标记的snp位点位于苏氏圆腹鲶参考基因组cm018566.1的第704509位核苷酸位点，多态性为t/c。基于本发明所述snp分子标记，可通过检测其snp位点基因型鉴定苏氏圆腹鲶抗嗜水气单胞菌感染性状，筛选抗嗜水气单胞菌感染的苏氏圆腹鲶，进行抗嗜水气单胞菌感染的苏氏圆腹鲶的分子标记辅助育种。因此，本发明请求保护所述snp分子标记及其应用。
13、本发明提供了一种与苏氏圆腹鲶抗嗜水气单胞菌感染性状相关的snp分子标记，所述snp分子标记的snp位点位于苏氏圆腹鲶参考基因组cm018566.1的第704509位核苷酸位点，多态性为t/c。
14、本发明还提供了所述snp分子标记的检测试剂。
15、具体地，所述检测试剂为扩增包含本发明所述snp分子标记的snp位点的基因序列的引物。
16、具体地，所述引物是以包含本发明所述snp分子标记的snp位点的基因序列为靶标设计得到。
17、更具体地，所述基因序列如seq id no.1所示，所示基因序列的第484位为所述snp位点。
18、作为其中的一种可选实施方式，所述snp分子标记的检测试剂为用于扩增包含所述snp位点的引物，所述引物包括seq id no.2所示的上游引物和seq id no.3所示的下游引物。
19、作为其中的一种可选实施方式，所述snp分子标记的检测试剂为用于检测所述snp分子标记的snp位点基因型的snapshot分型引物，所述snapshot分型引物包括seq id no.4所示的扩增引物snp1-p1f和seq id no.5所示的延伸引物snp1-e。
20、基于本发明所述snp分子标记，利用所述检测试剂可检测出所述snp位点的基因型，进而可以对苏氏圆腹鲶的抗嗜水气单胞菌感染性状进行鉴定，筛选抗嗜水气单胞菌感染的苏氏圆腹鲶，进行抗嗜水气单胞菌感染的苏氏圆腹鲶的选育。因此，本发明请求保护所述检测试剂在鉴定苏氏圆腹鲶抗嗜水气单胞菌感染性状中的应用。
21、本发明还请求保护所述检测试剂在制备用于鉴定苏氏圆腹鲶抗嗜水气单胞菌感染性状的产品中的应用。
22、具体地，所述snp分子标记的snp位点基因型为tc的苏氏圆腹鲶具有抗嗜水气单胞菌感染性状。
23、本发明还请求保护所述检测试剂在筛选抗嗜水气单胞菌感染的苏氏圆腹鲶中的应用。
24、本发明还请求保护所述检测试剂在制备用于筛选抗嗜水气单胞菌感染的苏氏圆腹鲶的产品中的应用。
25、本发明还请求保护所述检测试剂在抗嗜水气单胞菌感染的苏氏圆腹鲶的分子标记辅助育种中的应用。
26、本发明还请求保护所述检测试剂在制备用于抗嗜水气单胞菌感染的苏氏圆腹鲶的分子标记辅助育种的产品中的应用。
27、本发明还提供了一种筛选抗嗜水气单胞菌感染的苏氏圆腹鲶的方法，所述方法为：检测所述snp分子标记的snp位点的基因型，选择基因型为tc的苏氏圆腹鲶。
28、作为其中的一种可选实施方式，所述检测snp位点的基因型的方法包括以下步骤：
29、s1.提取待测苏氏圆腹鲶的基因组dna并扩增所述snp分子标记；
30、s2.对s1所得扩增产物进行测序，得到所述snp分子标记的snp位点的基因型。
31、本发明具有以下有益效果：
32、本发明提供了一种与苏氏圆腹鲶抗嗜水气单胞菌感染性状相关的snp分子标记，所述snp分子标记的snp位点位于苏氏圆腹鲶参考基因组cm018566.1的第704509位核苷酸位点，多态性为t/c。基于本发明所述snp分子标记，可通过检测其snp位点基因型鉴定苏氏圆腹鲶抗嗜水气单胞菌感染性状，筛选抗嗜水气单胞菌感染的苏氏圆腹鲶，进而加快苏氏圆腹鲶抗性品种的选育，促进苏氏圆腹鲶养殖产业的长稳发展。
1.一种与苏氏圆腹鲶抗嗜水气单胞菌感染性状相关的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记的snp位点位于苏氏圆腹鲶参考基因组cm018566.1的第704509位核苷酸位点，多态性为t/c。
2.权利要求1所述snp分子标记的检测试剂。
3.权利要求2所述检测试剂在鉴定苏氏圆腹鲶抗嗜水气单胞菌感染性状中的应用。
4.权利要求2所述检测试剂在制备用于鉴定苏氏圆腹鲶抗嗜水气单胞菌感染性状的产品中的应用。
5.权利要求2所述检测试剂在筛选抗嗜水气单胞菌感染的苏氏圆腹鲶中的应用。
6.权利要求2所述检测试剂在制备用于筛选抗嗜水气单胞菌感染的苏氏圆腹鲶的产品中的应用。
7.一种筛选抗嗜水气单胞菌感染的苏氏圆腹鲶的方法，其特征在于，检测权利要求1所述snp分子标记的snp位点的基因型，选择基因型为tc的苏氏圆腹鲶。
8.根据权利要求7所述方法，其特征在于，所述检测snp位点的基因型的方法包括以下步骤：
9.权利要求2所述检测试剂在抗嗜水气单胞菌感染的苏氏圆腹鲶的分子标记辅助育种中的应用。
10.权利要求2所述检测试剂在制备用于抗嗜水气单胞菌感染的苏氏圆腹鲶的分子标记辅助育种的产品中的应用。
