本申请涉及分子鉴定,尤其涉及一种天星蕨dna条形码及其在物种鉴定中的应用。
背景技术:
1、天星蕨(christensenia aesculifolia),隶属于合囊蕨科(marattiaceae)天星蕨属(christensenia),单属种,多年生草本,根、茎、叶均为肉质,株高30-50cm,叶片三出复叶或单叶,叶脉网状,孢子囊群圆环形,中空如钵,生于叶背面网脉连接点,看似天上的繁星,故而得名。植株形态奇特,耐荫,是一种优良的盆景制作材料和林下常绿地被植物配植,具有较高的园艺观赏价值。
2、天星蕨在分类系统位置中较为原始,对于物种起源与进化研究中具有一定的科学研究价值,以及对蕨类植物研究和湿热地区生物多样性研究具有实际意义。但由于天星蕨国内地理分布狭窄,仅分布于云南省东南部海拔约900m的雨林中,加之大量热带经济作物砂仁的种植,生境遭到破坏,野生资源急速锐减,急需开展行之有效的拯救保护工作。目前天星蕨已列入《国家重点保护野生植物名录》(2021版)、中国高等植物受威胁物种名录和云南省极小种群野生植物保护名录(2022版)。通过快速、准确的物种鉴定方法来加强天星蕨物种的保护具有重要意义,且国家重点保护野生植物的司法保护正是保护生物多样性的题中之义,然而天星蕨植株处于非生育期时形态特征与人们熟知的“羊齿”蕨类植物相差甚远,形似天南星科植物或其他种子植物,传统鉴定手段需要鉴定人员具有较强的植物分类专业知识和技能,存在一定的局限性,给海关植物检验检疫、执法部门等一线工作人员物种鉴定带来困难。
3、因此,建立一种快速、准确的鉴定天星蕨的方法具有重要意义。
技术实现思路
1、为解决或部分解决相关技术中存在的问题,本申请提供一种天星蕨dna条形码及其在物种鉴定中的应用,该天星蕨dna条形码能够快速、准确的鉴定天星蕨。
2、本申请提供了一种基于dna条形码的天星蕨鉴定方法,包括以下步骤:
3、1)提取待测样品总dna后,对总dna进行打断,获得dna片段;
4、2)对dna片段进行末端修复和接头连接后进行pcr扩增,得到测序文库;
5、3)对测序文库进行测序,提取rbcl核苷酸序列;
6、4)将rbcl核苷酸序列与天星蕨dna条形码进行序列特征比对;天星蕨dna条形码为:第18bp和1124bp碱基为g,第19bp、179bp、755bp、782bp和1082bp碱基为c,第324bp和1160bp碱基为a,第432bp和1061bp碱基为t;
7、若获得的rbcl核苷酸序列符合上述条件,则该待测样品为天星蕨。
8、可选的,步骤2)中pcr扩增条件为:98℃变性30s,1个循环;98℃变性10s,65℃延伸75s,进行30个循环;65℃后延伸5s;4℃保持。
9、可选的,步骤2)中接头连接条件为:温度33℃,时间25min,离心力8000rcf。
10、可选的,步骤1)中采用超声波对总dna进行打断。
11、可选的,步骤1)中dna片段长度为200-800bp。
12、可选的,步骤3)中测序为双末端测序,测序片段长度为150bp。
13、本申请提供的技术方案可以包括以下有益效果:
14、本申请通过提取待测样品的rbcl核苷酸,与天星蕨dna条形码进行比对,天星蕨dna条形码为:第18bp和1124bp碱基为g,第19bp、179bp、755bp、782bp和1082bp碱基为c,第324bp和1160bp碱基为a,第432bp和1061bp碱基为t,能对天星蕨进行快速、准确的鉴定,为天星蕨等国家重点保护野生植物的保护提供理论基础和技术支持。
15、应当理解的是,以上的一般描述和后文的细节描述仅是示例性和解释性的,并不能限制本申请。
1.一种基于dna条形码的天星蕨鉴定方法,其特征在于,包括以下步骤:
2.根据权利要求1所述的天星蕨鉴定方法,其特征在于,所述步骤2)中pcr扩增条件为:98℃变性30s,1个循环;98℃变性10s,65℃延伸75s,进行30个循环;65℃后延伸5s;4℃保持。
3.根据权利要求1所述的天星蕨鉴定方法,其特征在于,所述步骤2)中接头连接条件为:温度33℃,时间25min,离心力8000rcf。
4.根据权利要求1所述的天星蕨鉴定方法,其特征在于,所述步骤1)中采用超声波对总dna进行打断。
5.根据权利要求1所述的天星蕨鉴定方法,其特征在于,所述步骤1)中dna片段长度为200-800bp。
6.根据权利要求1所述的天星蕨鉴定方法,其特征在于,所述步骤3)中测序为双末端测序,测序片段长度为150bp。