本发明属于水生动物分子育种领域,具体涉及一种与鳊鱼肌苷酸含量相关的snp分子标记及其应用。
背景技术:
1、肌苷酸(inosine-5-monophate,imp)已被看作是动物肉品中相当重要的风味指标。imp的含量与鱼肉的鲜味息息相关,肌肉中较高的肌苷酸含量可以使鱼肉的口感更佳,进而提高其经济价值。因此,发掘出与肌苷酸含量相关的分子标记位点,提高水产动物的肌肉品质,是水产养殖业长久以来的研究重点。传统的选育方法是依表型进行选择,周期长,效率低,需利用分子标记技术从基因型层面辅助选育,以提高育种效率。目前,利用分子标记的方法筛选到与肌苷酸含量相关的基因或标记,从而进行遗传改良,是一种比较直接快速的解决办法。
2、腺苷一磷酸脱氨酶(adenosine 5'-monophosphate deaminase,ampd)是嘌呤核苷酸循环的关键酶之一,它催化裂解腺苷一磷酸(adenosine 5'-monophosphate,amp)生成肌苷酸和氨,在真核生物能量代谢中有非常重要的作用。ampd基因家族的三个成员,即ampd1、ampd2、ampd3是同功异构酶,ampd1主要作用于amp脱氨生成肌苷酸,此过程中细胞内的代谢产物(嘌呤和无机磷)对ampd1活性影响很大。在非运动状态下,由于有大约90%的ampd1未与肌纤维肌球蛋白的重链结合,而使其处于非活化状态,运动状态下,约50%非活化状态的ampd1被活化;此外,ampd1的活性还受到细胞质中atp浓度和细胞中腺苷酸的能量水平的影响,因而,ampd1常常可以被看作是细胞能量需求的“感觉器”。因此,亟需提供一种与鳊鱼肌苷酸含量相关的snp分子标记,为ampd1基因与imp含量的关系建立奠定基础,对于选育出具有高肌苷酸含量的鳊鱼以及开展鱼类辅助育种具有重要意义。
技术实现思路
1、本发明要解决的技术问题是克服现有技术的不足,提供一种与鳊鱼肌苷酸含量相关的snp分子标记及其应用。
2、为解决上述技术问题,本发明采用以下技术方案:
3、一种与鳊鱼肌苷酸含量相关的snp分子标记,所述snp分子标记包括a)、b)、c)、d)中的至少一种;
4、a)所述snp分子标记为位于鳊鱼ampd1基因片段序列的第141bp处的碱基突变,所述第141bp处的碱基为a或t;
5、b)所述snp分子标记为位于鳊鱼ampd1基因片段序列的第185bp处的碱基突变,所述第185bp处的碱基为a或c;
6、c)所述snp分子标记为位于鳊鱼ampd1基因片段序列的第223bp处的碱基突变,所述第223bp处的碱基为a或g;
7、d)所述snp分子标记为位于鳊鱼ampd1基因片段序列的第250bp处的碱基突变,所述第250bp处的碱基为a或g。
8、上述的snp分子标记,进一步改进的,所述鳊鱼ampd1基因片段的核苷酸序列如seqid no.1所示。
9、作为一个总的技术构思,本发明还提供了一种用于检测上述的snp分子标记的引物对,所述引物对包括正向引物和反向引物,所述正向引物的核苷酸序列如seq id no.2所示,所述反向引物的核苷酸序列如seq id no.3所示。
10、作为一个总的技术构思,本发明还提供了一种上述的引物对在检测上述snp分子标记中的应用。
11、上述的应用,进一步改进的,所述引物对用于检测上述snp分子标记时,包括以下步骤:
12、(1.1)提取鳊鱼的基因组dna;
13、(1.2)利用引物对对待测鳊鱼的基因组dna进行pcr扩增,得到扩增产物;
14、(1.3)对扩增产物进行测序,检测出所述snp分子标记的碱基突变位点。
15、作为一个总的技术构思,本发明还提供了一种上述的snp分子标记在辅助鳊鱼育种或关联分析鳊鱼肌苷酸含量中的应用。
16、上述的应用,进一步改进的,所述snp分子标记用于辅助鳊鱼育种时,包括以下步骤:
17、(2.1)提取鳊鱼的基因组dna;
18、(2.2)利用引物对对待测鳊鱼的基因组dna进行pcr扩增,得到扩增产物;
19、(2.3)对扩增产物进行测序,得到测序峰图;
20、(2.4)根据测序峰图进行基因分型,若snp分子标记在所述测序峰图中为单峰,则待测鳊鱼为纯合基因型品种,若snp分子标记在所述测序峰图中为套峰,则待测鳊鱼为杂合基因型品种。
21、上述的应用,进一步改进的,所述snp分子标记用于关联分析鳊鱼肌苷酸含量时,包括以下步骤:
22、(3.1)提取鳊鱼的基因组dna;
23、(3.2)利用引物对对待测鳊鱼的基因组dna进行pcr扩增,得到扩增产物;
24、(3.3)对扩增产物进行测序,得到测序峰图;
25、(3.4)对测序峰图进行分析,若snp分子标记在所述测序峰图中为单峰,则待测鳊鱼为高肌苷酸含量鳊鱼,若snp分子标记在所述测序峰图中为套峰,则待测鳊鱼为低肌苷酸含量鳊鱼。
26、上述的应用,进一步改进的,所述引物对包括正向引物和反向引物,所述正向引物的核苷酸序列如seq id no.2所示,所述反向引物的核苷酸序列如seq id no.3所示。
27、上述的应用,进一步改进的,所述鳊鱼为合方鳊和团头鲂中的至少一种。
28、与现有技术相比,本发明的优点在于:
29、本发明提供了一种与鳊鱼肌苷酸含量相关的snp分子标记,该snp分子标记用于辅助育种或用于关联分析鳊鱼肌苷酸含量时,可以快捷方便地筛选出高肌苷酸含量鳊鱼,即纯合基因型品种,不仅为鳊鱼(如合方鳊和团头鲂)的标记辅助育种选择奠定坚实基础,还可以提高鳊鱼的品质,提升生产经济效益。
1.一种与鳊鱼肌苷酸含量相关的snp分子标记,其特征在于,所述snp分子标记包括a)、b)、c)、d)中的至少一种;
2.根据权利要求1所述的与鳊鱼肌苷酸含量相关的snp分子标记,其特征在于,所述鳊鱼ampd1基因片段的核苷酸序列如seq id no.1所示。
3.一种用于检测如权利要求1或2所述的snp分子标记的引物对,其特征在于,所述引物对包括正向引物和反向引物,所述正向引物的核苷酸序列如seq id no.2所示,所述反向引物的核苷酸序列如seq id no.3所示。
4.一种如权利要求3所述的引物对在检测权利要求1或2所述snp分子标记中的应用。
5.根据权利要求4所述的应用,其特征在于,所述引物对用于检测权利要求1或2所述snp分子标记时,包括以下步骤:
6.一种如权利要求1或2所述的snp分子标记在辅助鳊鱼育种或关联分析鳊鱼肌苷酸含量中的应用。
7.根据权利要求6所述的应用,其特征在于,所述snp分子标记用于辅助鳊鱼育种时,包括以下步骤:
8.根据权利要求6所述的应用,其特征在于,所述snp分子标记用于关联分析鳊鱼肌苷酸含量时,包括以下步骤:
9.根据权利要求7或8所述的应用,其特征在于,所述引物对包括正向引物和反向引物,所述正向引物的核苷酸序列如seq id no.2所示,所述反向引物的核苷酸序列如seq idno.3所示。
10.根据权利要求7或8所述的应用,其特征在于,所述鳊鱼为合方鳊和团头鲂中的至少一种。
