一种鸡屠体性状相关的fabp4基因分子标记及应用
技术领域
1.本发明涉及基因检测领域，特别是涉及一种鸡屠体性状相关的fabp4基因分子标记及应用。
背景技术：2.全世界对肉类的需求不断增加，如何利用更少的资源生产更多的肉类产品成为了重中之重。屠体性状是家禽养殖产业的重要经济性状，它能够直观的呈现在消费者面前，同时，也是养殖企业经济效益简单、直接的体现。
3.脂肪酸结合蛋白4(fabp4)主要在巨噬细胞和脂肪组织中表达，调节脂肪酸的储存和脂解，是脂肪代谢的关键调控基因，同时也是炎症的重要介质。fabp4可以使pparg泛素化并被降解，若敲除小鼠fabp4基因，能够使pparg的表达增加，同时，敲除了fabp4基因的小鼠前脂肪细胞表现出了明显的成脂作用，即fabp4通过下调pparg来调节脂肪的生成。fabp4通过毛细血管内皮外周摄取脂肪酸对全身代谢至关重要，并且可能将fabp4确立为调节能量稳态的潜在新靶点。但是目前还没有fabp4基因与家禽屠体性状相关的报道。
技术实现要素：4.本发明的目的是提供一种鸡屠体性状相关的fabp4基因分子标记及应用，以解决上述现有技术存在的问题，筛选出了与鸡屠体性状相关的新的分子标记，为分子标记辅助选择不同屠体性状的鸡品系奠定基础。
5.为实现上述目的，本发明提供了如下方案：
6.本发明提供用于检测snp分子标记的试剂在制备鉴别鸡屠体性状基因型产品中的应用，所述snp分子标记对应于鸡fabp4基因序列中的突变位点包括：
7.g.1549c》t，其对应的基因型为tt、ct和cc；
8.g.1604t》c，其对应的基因型为tt、ct和cc；
9.g.1631t》a，其对应的基因型为tt、at和aa；
10.g.1786t》c，其对应的基因型为tt、ct和cc；
11.g.2036g》a，其对应的基因型为gg、ag和aa；
12.g.2043g》t，其对应的基因型为tt、gt和gg；
13.g.2090a》t，其对应的基因型为tt、at和aa；
14.g.2727g》a，其对应的基因型为gg、ag和aa；
15.g.3283g》a，其对应的基因型为gg、ag和aa。
16.本发明还提供用于检测snp分子标记的特异性引物对在鉴别鸡屠体性状基因型中的应用，所述snp分子标记对应于鸡fabp4基因序列中的突变位点包括：
17.g.1549c》t，其对应的基因型为tt、ct和cc；
18.g.1604t》c，其对应的基因型为tt、ct和cc；
19.g.1631t》a，其对应的基因型为tt、at和aa；
20.g.1786t》c，其对应的基因型为tt、ct和cc；
21.g.2036g》a，其对应的基因型为gg、ag和aa；
22.g.2043g》t，其对应的基因型为tt、gt和gg；
23.g.2090a》t，其对应的基因型为tt、at和aa；
24.g.2727g》a，其对应的基因型为gg、ag和aa；
25.g.3283g》a，其对应的基因型为gg、ag和aa。
26.优选的是，所述特异性引物对为如seq id no：1-2所示上下游引物或者如seq id no：3-4所示的上下游引物。
27.优选的是，所述屠体性状包括活体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、胸重、腿重、翅膀重、脚重、头重、心重、肝重、胃重、腹脂重、胫长、胫围和体斜长。
28.本发明还提供用于检测snp分子标记的试剂在制备筛选不同鸡屠体性状纯品系鸡产品中的应用，所述snp分子标记对应于鸡fabp4基因序列中的突变位点包括：
29.g.1549c》t，其对应的基因型为tt、ct和cc；
30.g.1604t》c，其对应的基因型为tt、ct和cc；
31.g.1631t》a，其对应的基因型为tt、at和aa；
32.g.1786t》c，其对应的基因型为tt、ct和cc；
33.g.2036g》a，其对应的基因型为gg、ag和aa；
34.g.2043g》t，其对应的基因型为tt、gt和gg；
35.g.2090a》t，其对应的基因型为tt、at和aa；
36.g.2727g》a，其对应的基因型为gg、ag和aa；
37.g.3283g》a，其对应的基因型为gg、ag和aa；
38.所述鸡屠体性状包括活体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、胸重、腿重、翅膀重、脚重、头重、心重、肝重、胃重、腹脂重、胫长、胫围和体斜长。
39.本发明还提供用于检测snp分子标记的特异性引物对在鸡遗传育种中的应用，所述snp分子标记对应于鸡fabp4基因序列中的突变位点包括：
40.g.1549c》t，其对应的基因型为tt、ct和cc；
41.g.1604t》c，其对应的基因型为tt、ct和cc；
42.g.1631t》a，其对应的基因型为tt、at和aa；
43.g.1786t》c，其对应的基因型为tt、ct和cc；
44.g.2036g》a，其对应的基因型为gg、ag和aa；
45.g.2043g》t，其对应的基因型为tt、gt和gg；
46.g.2090a》t，其对应的基因型为tt、at和aa；
47.g.2727g》a，其对应的基因型为gg、ag和aa；
48.g.3283g》a，其对应的基因型为gg、ag和aa；
49.利用所述特异性引物对选育具有不同屠体性状鸡品系；所述特异性引物对为如seq id no：1-2所示上下游引物或者如seq id no：3-4所示的上下游引物。
50.本发明还提供一种选育不同屠体性状鸡品系的方法，包括利用特异性引物对，pcr扩增鸡fabp4基因序列，再检测扩增产物核苷酸序列上的snp分子标记g.1549c》t、g.1604t》c、g.1631t》a、g.1786t》c、g.2036g》a、g.2043g》t、g.2090a》t、g.2727g》a和g.3283g》a的基
因型，根据所述基因型筛选不同屠体性状的鸡品系；
51.所述特异性引物对为如seq id no：1-2所示上下游引物或者如seq id no：3-4所示的上下游引物。
52.本发明公开了以下技术效果：
53.本发明通过筛选获取新的snp分子标记，即鸡fabp4基因序列中的突变位点g.1549c》t、g.1604t》c、g.1631t》a、g.1786t》c、g.2036g》a、g.2043g》t、g.2090a》t、g.2727g》a和g.3283g》a，其与鸡屠体性状相关，通过确定鸡snp突变位点的基因型就能对鸡屠体性状进行早期筛选，以节省生产成本并加快遗传进展，更好的应用到鸡遗传育种中，所以，本发明筛选的分子标记为选育不同鸡屠体性状的新品系奠定基础，具有很大的经济应用价值。
具体实施方式
54.现详细说明本发明的多种示例性实施方式，该详细说明不应认为是对本发明的限制，而应理解为是对本发明的某些方面、特性和实施方案的更详细的描述。
55.应理解本发明中所述的术语仅仅是为描述特别的实施方式，并非用于限制本发明。另外，对于本发明中的数值范围，应理解为还具体公开了该范围的上限和下限之间的每个中间值。在任何陈述值或陈述范围内的中间值以及任何其他陈述值或在所述范围内的中间值之间的每个较小的范围也包括在本发明内。这些较小范围的上限和下限可独立地包括或排除在范围内。
56.除非另有说明，否则本文使用的所有技术和科学术语具有本发明所述领域的常规技术人员通常理解的相同含义。虽然本发明仅描述了优选的方法和材料，但是在本发明的实施或测试中也可以使用与本文所述相似或等同的任何方法和材料。本说明书中提到的所有文献通过引用并入，用以公开和描述与所述文献相关的方法和/或材料。在与任何并入的文献冲突时，以本说明书的内容为准。
57.在不背离本发明的范围或精神的情况下，可对本发明说明书的具体实施方式做多种改进和变化，这对本领域技术人员而言是显而易见的。由本发明的说明书得到的其他实施方式对技术人员而言是显而易见的。本技术说明书和实施例仅是示例性的。
58.关于本文中所使用的“包含”、“包括”、“具有”、“含有”等等，均为开放性的用语，即意指包含但不限于。
59.实施例1
60.1、材料与方法
61.1.1动物样品
62.选取560只90日龄麻黄鸡(广州市江丰实业股份有限公司)。屠宰时采集颈部血液2ml，保存于-80℃冰箱，用于提取dna样本。屠宰前记录活体重、胫长、胫围和体斜长，屠宰后记录屠体重、半净膛重、全净膛重等屠体性状。
63.1.2主要试剂
64.血样dna提取试剂盒(品牌：omega；货号：d3571-02；贝瑞(广州)生物科技有限公司)、green taq mix(品牌：诺唯赞；货号：p131-01；南京诺唯赞生物科技股份有限公司)、dl2000 plus dna marker(品牌：诺唯赞；货号md101-01；南京诺唯赞生物科技股份有限公
司)。
65.1.3实验方法
66.1.3.1引物设计
67.根据ncbi(national center for biotechnology information)公布的原鸡(gallus gallus)fabp4基因的序列(gene id：2167)，使用ncbi的primer-blast工具设计引物，交由广州擎科生物科技有限公司提供引物合成服务。引物序列相关信息如表1所示。
68.表1pcr扩增引物序列
[0069][0070]
fabp4-1扩增出的片段序列为(seq id no:5)：
[0071][0072]
上述序列中黑底加粗斜体的碱基，对应的突变位点为：2727和3283。
[0073]
fabp4-2扩增出的片段序列为(seq id no:6)：
[0074][0075]
黑底加粗斜体的碱基，自前至后依次对应的位点1549、1604、1631、1786、2036、2043和2090。
[0076]
1.3.2血液dna的提取
[0077]
参照血液dna提取试剂盒操作说明书提取血液dna。
[0078]
1.3.3fabp4基因序列的pcr扩增
[0079]
fabp4-1与fabp4-2的pcr扩增体系和pcr运行程序均相同。以上述560只麻黄鸡的血液提取的dna作为模板，使用以下pcr扩增体系进行：3μl的麻黄鸡基因组模板dna，浓度为100-200ng/μl；1.2μl的fabp4-1-f引物，1.2μl的fabp4-1-r引物，浓度为10nm；15μl的green taq mix；9.6μl的双蒸水，体系一共30μl。pcr的扩增程序为：95℃预变性5min；95℃变性15s，58℃退火15s，72℃延伸50s，进行32个循环；循环结束时在72℃彻底延伸5min；12℃保存。
[0080]
1.3.4snps的鉴定与分型
[0081]
利用dnastar软件对pcr产物的sanger测序结果与下载得到的fabp4序列进行比对，通过测序峰图确定潜在的snp位点，统计并记录每个样本的snps数据及其基因型。
[0082]
利用spss 26对snps位点的基因型与其对应的个体的屠体性状进行关联分析。
[0083]
2、结果
[0084]
2.1fabp4的snp位点鉴定
[0085]
运用pcr扩增了麻黄鸡fabp4基因的部分片段，其中包含三个编码区、部分内含子和部分3
’‑
utr。对560个样本扩增得到的dna片段进行二代sanger测序，得到560个样本的fabp4片段的碱基序列和测序峰图。运用dnastar软件中seqman程序进行比对，鉴定出所有单核苷酸突变位点，并统计其基因型，在这两段fabp4片段上共鉴定出9个snp位点，分别为：
g.1549c》t、g.1604t》c、g.1631t》a、g.1786t》c、g.2036g》a、g.2043g》t、g.2090a》t、g.2727g》a、g.3283g》a。
[0086]
2.2fabp4的snp位点与屠体性状的关联分析
[0087]
我们将9个snp位点的基因型信息与16个屠体性状(活体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、胸重、腿重、翅膀重、脚重、头重、心重、肝重、胃重、腹脂重、胫长、胫围、体斜长)进行了关联分析，结果列于表2-4。
[0088]
表2snp与活体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、胸肌重、腿重关联分析结果(mean
±
sem)
[0089]
[0090]
[0091][0092]
表3snp与翅膀重、肝重、腹脂重、脚重、头重、胃重关联分析结果(mean
±
sem)
[0093]
[0094][0095]
表4snp与心重、胫长、胫围、体斜长关联分析结果(mean
±
sem)
[0096]
[0097][0098]
关联分析的统计结果显示，所有snp位点与腹脂重均具有极显著的相关性，此外，也均与活体、屠体、半净膛、全净膛、胸肌、腿、翅膀、心、肝的重量和体斜长具有显著的关联，但其中g.3283g》a位点与翅膀和肝的重量不具有显著关联。g.1549c》t位点的tt基因型群体的性状均小于ct和cc基因型群体，尤其是在腹脂重中，tt基因型个体与ct和cc基因型个体有显著差异，g.2090a》t也具有相同的趋势。g.1631t》a位点的tt基因型群体的每个性状均高于at和aa基因型群体，但值得关注的是，其中tt基因型群体的腹脂重显著高于at和aa基因型群体。g.1631t》a的tt基因型个体的平均重量在以各个snp的不同基因型个体的分组中，处于较高的水平。g.1549c》t、g.1604t》c、g.1631t》a、g.2036g》a、g.2043g》t、g.2090a》t、g.2727g》a与除脚重、头重、胃重、胫长和胫围外的所有屠体性状均有显著关联，且处于极显著水平。
[0099]
此外，头重性状与所有的snp均不具有关联性。只有g.2036g》a、g.2043g》t和g.2090a》t位点与脚重具有显著关联，只g.2727g》a与胫围、胃重具有显著关联。
[0100]
以上所述的实施例仅是对本发明的优选方式进行描述，并非对本发明的范围进行限定，在不脱离本发明设计精神的前提下，本领域普通技术人员对本发明的技术方案做出的各种变形和改进，均应落入本发明权利要求书确定的保护范围内。
技术特征：1.用于检测snp分子标记的试剂在制备鉴别鸡屠体性状基因型产品中的应用，其特征在于，所述snp分子标记对应于鸡fabp4基因序列中的突变位点包括：g.1549c>t，其对应的基因型为tt、ct和cc；g.1604t>c，其对应的基因型为tt、ct和cc；g.1631t>a，其对应的基因型为tt、at和aa；g.1786t>c，其对应的基因型为tt、ct和cc；g.2036g>a，其对应的基因型为gg、ag和aa；g.2043g>t，其对应的基因型为tt、gt和gg；g.2090a>t，其对应的基因型为tt、at和aa；g.2727g>a，其对应的基因型为gg、ag和aa；g.3283g>a，其对应的基因型为gg、ag和aa。2.用于检测snp分子标记的特异性引物对在鉴别鸡屠体性状基因型中的应用，其特征在于，所述snp分子标记对应于鸡fabp4基因序列中的突变位点包括：g.1549c>t，其对应的基因型为tt、ct和cc；g.1604t>c，其对应的基因型为tt、ct和cc；g.1631t>a，其对应的基因型为tt、at和aa；g.1786t>c，其对应的基因型为tt、ct和cc；g.2036g>a，其对应的基因型为gg、ag和aa；g.2043g>t，其对应的基因型为tt、gt和gg；g.2090a>t，其对应的基因型为tt、at和aa；g.2727g>a，其对应的基因型为gg、ag和aa；g.3283g>a，其对应的基因型为gg、ag和aa。3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述特异性引物对为如seq id no：1-2所示上下游引物或者如seq id no：3-4所示的上下游引物。4.根据权利要求1-3任一项所述的应用，其特征在于，所述屠体性状包括活体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、胸重、腿重、翅膀重、脚重、头重、心重、肝重、胃重、腹脂重、胫长、胫围和体斜长。5.用于检测snp分子标记的试剂在制备筛选不同鸡屠体性状纯品系鸡产品中的应用，其特征在于，所述snp分子标记对应于鸡fabp4基因序列中的突变位点包括：g.1549c>t，其对应的基因型为tt、ct和cc；g.1604t>c，其对应的基因型为tt、ct和cc；g.1631t>a，其对应的基因型为tt、at和aa；g.1786t>c，其对应的基因型为tt、ct和cc；g.2036g>a，其对应的基因型为gg、ag和aa；g.2043g>t，其对应的基因型为tt、gt和gg；g.2090a>t，其对应的基因型为tt、at和aa；g.2727g>a，其对应的基因型为gg、ag和aa；g.3283g>a，其对应的基因型为gg、ag和aa；所述鸡屠体性状包括活体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、胸重、腿重、翅膀重、脚重、
头重、心重、肝重、胃重、腹脂重、胫长、胫围和体斜长。6.用于检测snp分子标记的特异性引物对在鸡遗传育种中的应用，其特征在于，所述snp分子标记对应于鸡fabp4基因序列中的突变位点包括：g.1549c>t，其对应的基因型为tt、ct和cc；g.1604t>c，其对应的基因型为tt、ct和cc；g.1631t>a，其对应的基因型为tt、at和aa；g.1786t>c，其对应的基因型为tt、ct和cc；g.2036g>a，其对应的基因型为gg、ag和aa；g.2043g>t，其对应的基因型为tt、gt和gg；g.2090a>t，其对应的基因型为tt、at和aa；g.2727g>a，其对应的基因型为gg、ag和aa；g.3283g>a，其对应的基因型为gg、ag和aa；利用所述特异性引物对选育具有不同屠体性状鸡品系；所述特异性引物对为如seq id no：1-2所示上下游引物或者如seq id no：3-4所示的上下游引物。7.一种选育不同屠体性状鸡品系的方法，其特征在于，包括利用特异性引物对，pcr扩增鸡fabp4基因序列，再检测扩增产物核苷酸序列上的snp分子标记g.1549c>t、g.1604t>c、g.1631t>a、g.1786t>c、g.2036g>a、g.2043g>t、g.2090a>t、g.2727g>a和g.3283g>a的基因型，根据所述基因型筛选不同屠体性状的鸡品系；所述特异性引物对为如seq id no：1-2所示上下游引物或者如seq id no：3-4所示的上下游引物。
技术总结本发明公开了一种鸡屠体性状相关的FABP4基因分子标记及应用，属于基因检测领域。本发明通过筛选得到与鸡屠体性状相关的新的SNP分子标记，该分子标记对应于鸡FABP4基因序列中的突变位点包括：g.1549C>T，g.1604T>C，g.1631T>A，g.1786T>C，g.2036G>A，g.2043G>T，g.2090A>T，g.2727G>A，g.3283G>A。通过确定鸡SNP突变位点的基因型就能对鸡屠体性状进行早期筛选，以节省生产成本并加快遗传进展，更好的应用到鸡遗传育种中。本发明筛选的分子标记为选育不同鸡屠体性状的新品系奠定基础，具有很大的经济应用价值。很大的经济应用价值。
技术研发人员：黎镇晖 杨欣 王芷筠 徐海平 蔡丹凤 周震 聂庆华
受保护的技术使用者：华南农业大学
技术研发日：2022.05.20
技术公布日：2022/7/5
